Modul fakturace Winsyco podporuje formát ISDOC (formát elektronické fakturace), který sjednocuje doposud různé formáty elektronických daňových dokladů na jediný. Díky tomu bude možné posílat elektronické faktury napříč ekonomickými systémy včetně systémů používaných státem.

ISDOC je formát, který vychází z mezinárodního standardu UBL 2.0 (Universal Business Language), ale rozšiřuje jej o česká specifika. Technicky se jedná o XML soubor, který obsahuje všechna data. Standardně má příponu .isdoc. Existuje také varianta .isdocx, která navíc umožňuje přibalit i přílohy. Jedná se pak o komprimovaný ZIP soubor, ve kterém je zabalen soubor .isdoc společně s dalšími dokumenty.

Jeho velkou výhodou je základ v současných nejpoužívanějších standardech (XML, XMLSignature, UBL 2.0) a využívá elektronický podpis, který je uznáván českými zákony. Protože formát samotný neřeší způsob přenosu, zůstavá velmi jednoduchý. Výměna dokumentů ISDOC bude probíhat e-mailem  nebo přes  datové schránky.